El Consejo Ejecutivo Nacional (CEN) es el máximo órgano ejecutivo de la Iglesia Evangélica Peruana. Es responsable de la administración y dirección de la denominación entre las Asambleas Generales, velando por el cumplimiento de las resoluciones del cuerpo eclesiástico y la sana administración de la iglesia.
Dirigir y administrar la iglesia entre Asambleas Generales, ejecutando las resoluciones del cuerpo eclesiástico.
Velar por la pureza doctrinal y el cumplimiento de los principios bíblicos en toda la denominación.
Coordinar el trabajo de los Sínodos, Presbiterios e Iglesias Locales en todo el territorio nacional.
Supervisar la correcta administración de los recursos económicos y patrimonio de la institución.
Representar legalmente a la iglesia ante autoridades civiles y otras organizaciones religiosas.
Supervisar la labor de ministros, departamentos y comisiones de la iglesia a nivel nacional.