La IEP es el Cuerpo de Cristo, por tanto Cristo es su Señor y única cabeza, es guiada por el Espíritu Santo y se conduce bajo los principios establecidos en las Sagradas Escrituras.
En el plano institucional (iglesia visible), desde sus inicios la IEP se ha organizado bajo un modelo Presbiteriano, tanto en su estructura como en su forma de gobierno.
Así, las Iglesias Locales están gobernadas por los Consistorios, lo integran el Pastor y los Ancianos, apoyados por el cuerpo de Diáconos quienes cumplen tareas administrativas, de servicio (diaconía) y otras tareas pastorales. Tanto los ancianos, como el diaconado son elegidos por la Asamblea de la Iglesia Local. Ellos y el Pastor son los oficiales de las iglesias locales y de toda la denominación, la iglesia local no puede prescindir de ellos. Cada iglesia local cuenta con Departamentos y desarrollan diferentes ministerios eclesiales (evangelismo, niñez, juventudes, mujeres, acción social, etc.).

Un mínimo de 7 iglesias locales de un ámbito geográfico (circunscripción) conforman un Presbiterio, y lo conduce un Consejo Ejecutivo Presbiteral (CEP) elegido de entre los pastores y ancianos delegados de las iglesias locales. El Presbiterio es el responsable de: velar por el orden en las iglesias, por la doctrina, la ordenación de ancianos y pastores, la formación del liderazgo y el reconocimiento oficial de las iglesias locales. Cuenta también con Departamentos.

Un mínimo de 5 presbiterios conforman un Sínodo, y lo conduce su Consejo Ejecutivo Sinodal (CES). El Sínodo es el responsable de: velar por el orden en los presbiterios y apoyarlos en el cumplimiento de sus funciones, es responsable también de la formación teológica de los futuros ministros y ministras, y del avance misionero de las iglesias.

Toda la iglesia es dirigida por el Consejo Ejecutivo Nacional (CEN), el cual es elegido en la Asamblea Nacional y esta conformado por 7 integrantes.(Ministros y Ancianos de los diferentes Sinodos de la Iglesia)

La Asamblea es la máxima instancia de gobierno de la iglesia, en ella se deciden los planes nacionales, se resuelven diversos asuntos sobre la misión de la iglesia, administración nacional, relaciones con el Estado, con otras denominaciones y demás relaciones institucionales. La Asamblea Nacional está conformada por los delegados de los Sínodos, Departamentos Nacionales, Misiones extranjeras e Instituciones que cooperan con la IEP.