La Iglesia Evangélica Peruana está organizada en Sínodos regionales que agrupan a las congregaciones de diferentes zonas geográficas del país. Cada Sínodo trabaja de manera coordinada para fortalecer el testimonio cristiano y el servicio a las comunidades locales.
Coordinar las actividades ministeriales de los presbiterios en su región
Supervisar el cumplimiento de las normas y doctrinas de la IEP
Promover el crecimiento espiritual y numérico de las iglesias
Facilitar la capacitación y formación de líderes
Representar a las iglesias ante el Concilio Ejecutivo Nacional